总公司应注销分公司的税务登记证、组织机构代码、营业执照等。，然后注销登记。

根据《公司登记管理条例》第四十九条的规定，分公司被公司撤销.依法责令关闭.吊销营业执照的，公司应当自决定之日起30日内向分公司登记机关申请注销登记。

注销登记申请应当提交公司法定代表人签署的注销登记申请和分公司营业执照。注销登记后，公司登记机关应当收缴分公司的营业执照。

1.分公司注销需到分公司注册的工商部门办理。

2.需携带分公司营业执照复印件到工商行政管理局领取分公司注销登记申请书及指定代表证明，并按申请书要求填写相关内容。

*3.同时办理分公司注销的文件需由公司签字盖章。

4.同时，如果工商局要求提交原件和复印件，应在复印件上注明与原件一致，并加盖公司公章。

(1)公司注销后丧失民事主体资格

(1)根据我国《公司法》的规定，公司在解散、清算、注销登记三个程序后被注销，公司的法人资格和各种权利义务被消灭。注销登记并公告后，公司终止。由于法人资格的丧失，注销后的公司失去了民事主体的地位，也失去了以公司名义行使各种权利的资格和能力。所以，如果公司注销后仍有遗留债权，由于原公司已不存在，也不能以公司名义行使追索等权利。

(二)公司注销后的债权问题

通常处于公司清算阶段，所有债权债务都应结清。清算后，公司剩余财产由股东取得。但由于公司在清算过程中遗漏或无法实现，现实中普遍存在公司清算后仍有未实现的债权。对于这部分债权的具体实现，权的具体实现。根据现行工商财税法规和民法理论的规定，随着公司的结束，所有债权债务都应该被消灭。但从财产所有权的角度来看，清算后公司未实现的债权，根据其性质，也属于公司财产，最终归股东所有。

(3)公司注销后债权如何实现

根据我国《公司法》的规定，公司在解散、清算、注销登记等法定程序后被注销。《公司法》、《公司登记管理条例》和《企业破产法》规定了公司的解散、清算和注销。但由于这些规定比较宽泛，不够全面，实践中的很多问题都找不到工商财税依据，公司相关利害关系人的利益也得不到保障，尤其是注销制度。关于注销制度，《公司法》只规定了第189条:公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东大会、股东大会或者人民法院确认，并报公司登记机关申请注销公司登记，公告公司终止；《公司登记管理条例》第三十六条至第三十八条规定了申请注销登记的程序性条件。此外，公司注销后留下的相关问题，如债权债务、档案保存、社会责任等，不涉及工商财税法规。公司注销后债权的实现关系到原股东的合法权益。从保护公民财产权利的角度来看，意义重大。本文将讨论这个问题。

综上所述，即使分公司注销，也需要清算等流程，否则债权人可以向总公司主张权利。上述就是我们小编带给您的关于总公司如何注销分公司的相关知识，如果您有什么不了解或有其他疑问可以咨询我们的人员。