1、票据多难处理

代理记账公司必须每月从客户那里获取发票，并将其分类编制为专业会计凭证。一般纳税人因为营业金额较高，所以票据数量通常比小规模纳税人多。而且一般纳税人涉及增值税专用发票的认证和抵扣，操作复杂。代账记账公司通常会上门收取凭证，并与客户确认许多细节。

2、纳税申报程序复杂

在纳税申报方面，小规模纳税人的增值税可按季度申报，而一般纳税人必须按月申报。并且，一般纳税人纳税申报时每次都需要填写各类申报表，尤其是增值税，比较麻烦，申报次数多。另外，一般纳税人月初要及时抄报税，月底还要及时进行进项票认证;还必须合理控制税负，避免偷漏税和多缴税。

3、做账需要谨慎，经常被抽查

因为一般纳税人涉及进项票抵扣，而且税务局现在查进项票抵扣很严，所以做账上面对一般纳税人的要求很高。比如代理记账机构会及时办理银行对账单、薪资明细和客户每月提供的各种过账单据，设置明细核算。所以，在代理记账价格方面，一般纳税人代理记账价格会比小规模纳税人贵。