1、长期零申报，纳税人将被税务机关纳入重点监控对象，然后根据相关规定对企业进行评估。如果发现纳税人有隐瞒收入、虚开发票等违规行为，不仅要补缴当期税款和滞纳金，还要受到处罚。情节严重的，移送检查。

2、如发现纳税人为走逃户，则将企业纳入重大违法失信企业名单，并同时向社会公布。与此同时，企业走逃户纳税人也会被评为D纳税人，并承担D纳税人的后果。

3、对于长期零申报且持有发票的纳税人，会对其发票采取降版降量措施。根据规定，纳税人还可能被要求去税务机关检查发票的使用情况。

4、当税务机关通过核查后，按照规定，可以用成本费用公示核定纳税人收入。

所以，对于企业来说，零申报绝对不是企业解决问题的长期方法，只是暂时的。如果公司长期无应纳税所得额或长期亏损，应考虑是否继续经营，以避免税务风险和信用降级。