1、最基本的是罚款

企业在经营期间未按时申报纳税的，税务机关将视情节轻重予以处罚。首先，企业将被追缴欠缴税款，并按照每天万分之五征收滞纳金。同时，对企业未缴纳的部分，可以处以50%以上5倍以下的罚款。

2、经营活动受限

企业税务异常会导致财务和税收指标出现问题。这个时候法人、会计、财务、税务员都会被列为风险纳税人，会影响发票的领购，所以企业的日常经营会受到限制，从而影响企业的发展。

3、被列为严重违法企业名单

当长期存在税务异常的企业被列为严重违法、不值得信赖的企业时，有关部门会将该企业作为重点监控对象，企业法定代表人和负责人三年内不得再担任其他企业的法定代表人和负责人。也会限制其在商业或其他行业中的行为。

公司被列入税务异常不及时处理有什么后果?因此，企业如若出现税务异常，必须及时解决，决不能放任自流。首先，他们要补缴欠缴的税款，然后向办税服务大厅提交企业的申报材料，并按程序对税务异常情形予以解除。