事实上，一般纳税人代理记账收费比小规模纳税人高的原因主要归结为以下几点：

1、申报次数不同

小规模纳税人的增值税通常都是按季申报的，而一般纳税人则是按月申报的，单就增值税，每年的申报次数就多了四倍。而且，两类纳税人每次填写的申报表的数量也有很大差距。小规模只要填写增值税申报表、申报表附列材料和免税申报明细即可。

2、票据处理难易程度不同

一般纳税人营业金额普遍高于小规模纳税人，涉及票据更多。代理记账公司每个月从客户那里拿到发票后，需要对票据进行审核、整理、并编制记账凭证，而这是一项庞杂的工作，并且，一般纳税人还需要对增值税专用发票进行认证。因此，与小规模纳税人相比，票据处理难度更高。

3、做账的规范性要求不同

对于委托客户来说，代理记账应提供每月银行对账单、工资明细、各种过账单据等。由于国家有关部门对一般纳税人会计工作要求较高，所以财务人员处理起来会更谨慎。而由于对小规模纳税人要求相对宽松，所以小规模纳税人记账报税要更简单一些。故两者收费不同。